ตามที่ คณะรัฐมนตรี ได้มีมติเมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม พ.ศ. 2542 ได้เห็นชอบในหลักการ มาตรการจัดการศึกษาเพื่อคนพิการ ให้ดําเนินการตามเสนอและเห็นชอบกับยุทธศาสตร์การดําเนินงานและโครงสร้างการบริหารงานของการจัดการศึกษาเพื่อคนพิการ และประกาศให้ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจําจังหวัด เป็นสถานศึกษาเพื่อคนพิการโดยให้ทําหน้าที่นํานโยบายไปสู่การปฏิบัติ จัดทําและจัดสรรงบประมาณให้แก่สถานศึกษาประสานงานกับหน่วยงานในพื้นที่ให้บริการการศึกษา บําบัด ฟื้นฟู และดําเนินระบบส่งต่อโรงเรียน ชุมชนกระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งศูนย์การศึกษาพิเศษประจําจังหวัด เมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม พ.ศ. 2543 ให้เป็นสถานศึกษาเพื่อให้บริการช่วยเหลือคนพิการในพื้นที่เขตบริการ ด้านการพัฒนาศักยภาพ และด้านการศึกษา ให้คําแนะนําการเตรียมความพร้อมแก่คนพิการ เพื่อเข้าเรียนร่วมในโรงเรียนปกติให้มากขึ้นอย่างทั่วถึง ประสานงานการจัดการเรียนร่วมในพื้นที่ สนับสนุนสื่อและสิ่งอํานวยความสะดวก ตลอดทั้งปฏิบัติหน้าที่ให้คําปรึกษา แนะเเนว จัดทําสถิติ ข้อมูล และบริการด้านการศึกษาพิเศษแก่หน่วยงาน ที่เกี่ยวข้อง ในช่วงแรกของการก่อตั้งศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจําจังหวัดเชียงราย กรมสามัญศึกษาได้มอบให้โรงเรียนศึกษาพิเศษเชียงราย ทําหน้าที่เป็นศูนย์การศึกษาพิเศษ (เพื่อคนพิการ) ประจําจังหวัดเชียงราย ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจําจังหวัดเชียงราย ก่อตั้งขึ้น ภายในพื้นที่ โรงเรียนเชียงรายปัญญานุกูล จังหวัดเชียงราย โรงเรียนศึกษาพิเศษเชียงรายเดิม) และที่ตั้ง 210 หมู่ 21 ตําบลป่าอ้อดอนชัย อําเภอเมือง จังหวัดเชียงราย ต่อมาได้ขอใช้พื้นที่สํานักงานผังเมืองเก่า เป็นที่ตั้งชั่วคราวศูนย์การศึกษาพิเศษ  ประจําจังหวัดเชียงราย แห่งที่ 1 ตั้งอยู่เลขที่ 420/1 หมู่ 21 บริเวณ เกาะลอย ตําบลเวียง อําเภอเมืองเชียงราย จังหวัดเชียงราย 57000 โทรศัพท์ 0-5360-0218, 08-1473-0828 มีที่ดินจํานวน 1 งาน 87 ตารางวา เมื่อวันที่ 16 มกราคม 2546 และต่อมาได้ขออนุมัติผู้ว่าราชการจังหวัดเชียงราย ใช้ที่ดินบริเวณส่วนราชการฝั่งหมิ่น ที่ได้รับอนุมัติจากจังหวัดเชียงราย 5 ไร่ 1 งาน 99 ตารางวา ก่อตั้งเป็นศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจําจังหวัดเชียงราย แห่งที่ 2 และทําการย้ายสํานักงานไปยังศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจําจังหวัดเชียงราย แห่งที่ 2 อย่างถาวร เมื่อวันที่ 28 ธันวาคม พ.ศ. 2552 โดยตั้งสํานักงานอยู่เลขที่ 516 หมู่ 6 ตําบลริมกก อําเภอเมือง จังหวัดเชียงราย 57100 โทรศัพท์ 0-5315-2159 ,08-1473-0828 โทรสาร 0-5315-2129 รวมมีที่ดินและสิ่งปลูกสร้างในความรับผิดชอบ 5 ไร่ 3 งาน 86 ตารางวา คิดเป็น 2,386 ตารางวา หรือ 9,544 ตารางเมตร จนถึงปัจจุบัน ทั้งนี้ ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจําจังหวัดเชียงราย แห่งที่ 1 ได้ตั้งเป็นศูนย์ประสานงานการจัดการสอนเด็กเจ็บป่วยเรื้อรังในโรงพยาบาลศูนย์การเรียนรู้การศึกษาเพื่อคนพิการ ศูนย์สื่อ สิ่งอํานวยความสะดวก บริการและความช่วยเหลืออื่นใดทางการศึกษาเพื่อคนพิการ และงานประชาสัมพันธ์ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจําจังหวัดเชียงรายและศูนย์การเรียนเฉพาะความพิการอําเภอเมือง